L’évolution des capacités d’équarrissage a apporté une contribution importante à l’entreprise d’élimination. Au plus fort de l’épidémie, seule la mise en place d’une nouvelle filière d’élimination (enfouissement massif dans les sites aménagés et les décharges publiques autorisées) a permis de maîtriser la situation. Durant la progression de l’épizootie, une hiérarchisation de l’élimination a été élaborée pour prendre en compte les risques pour l’environnement et pour la santé publique. Elle se fondait d’abord sur la combinaison équarrissage/incinération, puis sur l’emploi des décharges officielles, ensuite sur l’incinération et en dernier lieu sur un enfouissement dans des fosses communes ou à la ferme, l’option la moins attrayante. Toutefois, la campagne menée contre la maladie n’aurait pu réussir sans un recours tactique à l’enfouissement massif, en plus de l’utilisation des autres filières d’élimination. Les auteurs expliquent les modalités de conception et de mise en place des filières d’élimination durant l’épizootie de 2001.