Tras varias décadas de perfeccionamiento progresivo de su sistema de control de los riesgos sanitarios, Francia se vio enfrentada, en 1996, a la crisis de la encefalopatía espongiforme bovina. Esta crisis provocó un cuestionamiento colectivo que llevó a la conclusión de que era necesario renovar un sistema del que se habían comprobado los límites. Se estimó que el análisis de riesgos, designado principio de referencia por el Acuerdo de la Organización Mundial del Comercio (OMC) sobre la Aplicación de las Medidas Sanitarias y Fitosanitarias (Acuerdo MSF), era la base que se imponía para una reforma cuyos objetivos eran identificar mejor los riesgos prioritarios para la protección de la salud de las personas y de los animales y mejorar la calidad de las medidas adoptadas por las autoridades públicas. Por consiguiente, el 1 de julio de 1998 se promulgó una ley por la que se crearon varios organismos autónomos de evaluación de riesgos, entre ellos la Agencia francesa de salubridad de los alimentos (AFSSA), un organismo encargado específicamente de la seguridad sanitaria de los alimentos en todas las etapas de la cadena alimentaria. El nuevo sistema se ha completado con otras reformas en materia de organización que han consistido, principalmente, en separar las funciones de gestión de riesgos y de ayuda económica a los sectores, a nivel central primero y a nivel de los servicios de terreno en los cien departamentos franceses en 2002. Por último, se han instaurado nuevos procedimientos para, de conformidad con los principios del análisis de riesgos, despejar e individualizar mejor las distintas secuencias del proceso de toma de decisiones. Este proceso ha sido alargado mediante la incorporación al mismo de un examen pericial del organismo encargado de la evaluación de los riesgos sanitarios y del estudio por dicho organismo del proyecto de decisión que de él se desprenda.