Les premiers assemblages de séquences du génome des espèces d’élevage sont désormais accessibles grâce à des banques de données du domaine public ; de plus, d’autres projets de séquençage progressent rapidement. En outre, un grand nombre de séquences exprimées a été obtenu, ce qui contribuera à la construction de cartes de transcrits (gènes annotés) pour de nombreuses espèces qui ont une importance économique. Ainsi, la reproduction des animaux d’élevage entre dans l’ère post-génomique. La génomique fonctionnelle, définie comme étant l’application des méthodes expérimentales globales visant à évaluer la fonction des gènes, en utilisant les données et les réactifs mis à disposition par la génomique structurelle (c’est-à-dire, cartographie et séquençage), capte désormais toute l’attention. La conjugaison d’une vue holistique des phénotypes au niveau moléculaire et des données sur les marqueurs génétiques semble être une approche particulièrement prometteuse pour l'amélioration des caractères liés à la santé et au bien-être chez les animaux d’élevage. Ces caractères sont souvent difficiles à définir. Comme ils ont une héritabilité faible, ils ne sont pas associés à une amélioration génétique dans les programmes de reproduction et de sélection traditionnels. Parallèlement, les informations génomiques obtenues de micro-organismes et de parasites ouvrent des perspectives en matière de nouveaux vaccins et de traitements. Le présent article décrit les principaux outils de la génomique fonctionnelle, énumère les ressources génomiques disponibles pour les animaux d’élevage et examine les perspectives et les problèmes de la génomique fonctionnelle au service de l’amélioration de la santé et du bien-être des animaux d’élevage.