Ya es posible acceder a los primeros repertorios de secuencias genómicas de especies ganaderas, que figuran en bases de datos de dominio público, y hay otros varios proyectos de secuenciación que avanzan con rapidez. Se han obtenido además amplios conjuntos de secuencias expresadas, que resultarán de ayuda para elaborar mapas de transcripción anotados de numerosas especies de importancia económica. La cría y selección de animales domésticos está entrando pues en la era postgenómica. La genómica funcional, definida como la aplicación de métodos experimentales holísticos para evaluar la función génica a partir de datos y reactivos procedentes de la genómica estructural (esto es, la cartografía y la secuenciación), se está convirtiendo en el área de interés primordial. La combinación de marcadores genéticos y de una visión holística de los fenotipos en su dimensión molecular parece un planteamiento especialmente prometedor para mejorar las características ligadas a la salud y al bienestar del ganado. En general resulta difícil determinar cuáles son estas características, pues su nivel de heredabilidad es bajo y por consiguiente no deparan grandes ventajas genéticas con programas convencionales de cría y selección. Al mismo tiempo, la información sobre el genoma de microorganismos y parásitos puede ser útil de cara a la elaboración de nuevas vacunas y productos terapéuticos. El autor, tras describir las principales herramientas de la genómica funcional, expone los recursos genómicos existentes para el ganado y examina las perspectivas y dificultades que anuncia la genómica funcional con vistas a mejorar la salud y el bienestar del ganado.