Résumé (suite)
Un arbre non enraciné obtenu au moyen de l’algorithme de recherche des voisins (neighbour-joining) a été construit au moyen de MEGA (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) et la méthode du bootstrap a permis d’analyser 1 000 jeux de données de réplication. Les distances évolutives ont été calculées en appliquant la méthode du maximum de vraisemblance composite. Une prédiction des sites de N-glycosylation des séquences GP5 a été réalisée grâce à l’outil analytique disponible sur le serveur NetNGlyc de l’Université technique de Danemark (www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/). L’analyse phylogénétique a révélé que la nouvelle souche (GLD-LP-ARG), ainsi que d’autres souches isolées précédemment, appartenaient au groupe européen EU-1 et qu’elles étaient placées sur une branche distincte de l’arbre. Les séquences de nucléotides de la nouvelle souche ont présenté un pourcentage d’identité de 99 % avec celles de la souche A1 et de 98,1 % avec celles de la souche belge 08P178. Les étalons porteurs chroniques du virus et leurs stocks de semence congelée constituent un réservoir du virus de l’artérite équine, principale cause de la persistance de cette maladie dans la population équine du monde entier. Ces résultats corroborent l’importance d’assurer un suivi attentif des étalons porteurs chroniques du virus ainsi que des paillettes de semence, en faisant appel à la RT-PCR ou aux tests de saillie, suivant la réglementation nationale.