Depuis l’avènement des technologies de séquençage de nouvelle génération, le criblage non ciblé d’échantillons prélevés au cours d’un foyer de maladie afin d’identifier l’agent pathogène en recourant à la métagénomique est devenu accessible aux plans technique et économique. Néanmoins, un certain nombre d’aspects restent à élucider afin d’exploiter pleinement les possibilités offertes par le séquençage de nouvelle génération pour déceler des virus précédemment inconnus. Les auteurs résument ces aspects pour chaque étape déterminante, depuis le choix des échantillons jusqu’à leur manipulation et traitement, et du séquençage à l’analyse des données, en mettant l’accent sur les difficultés éventuelles.

Mots-clés
Découverte de virus – Logiciel d’analyse – Manipulation d’échantillons – Métagénome – Séquençage de nouvelle génération – Traitement d’échantillons.